Como fazer funcionar os Plugins?

Olá,

Estou começando a usar o WP e estou tendo problemas com os plugins. De inicio estou tentando usar o plugin wp-cycle (para um banner rotativo) e já cheguei a testar no tema que já vem instalado por padrão e consigo usar normalmente. O que acontece é que estou criando um tema do zero e não sei se é necessario que exista o arquivo functions.php para que qualquer plugin funcione ou algum outro arquivo ou pasta. Passei horas estudando o arquivo header.php de outros temas e não estou achando o que posso tá fazendo errado. Pesquisei em tantos outros foruns e não encontrei resposta.

Espero que alguém possa me ajudar.