Preciso de um popup que não apareça para quem está logado

Podes adicionar a seguinte lógica ao teu site:

<?php
if ( is_user_logged_in() ) {
//Condição verdadeira
    echo 'Bom dia utilizador logado ;-)!';
} else {
    echo 'Bom dia convidado';
}
?>

Mais informações aqui:

Home

Se não me engano, essa funcionalidade é paga nesse plugin:
https://wppopupmaker.com/extensions/advanced-targeting-conditions/

Para colocar as duas colunas experimenta adicionar o seguinte código CSS adicional (adiciona no Personalizar):

@media only screen and (max-width: 800px) {
.fusion-body .products li {
width: 49% !important;
display: inline-block;
}
}

Quanto aos pop-ups, provavelmente será melhor fazeres upgrade.