Já tentaste apenas com o link, do tipo http://www.youtube.com/watch?v=3LuNq5DiA80
É que o WordPress faz embed automático desses links.
Estou tendo exatamente o mesmo problema. Inicialmente pensei que fosse algum bug da versão 3.5 com o Windows Live Writer, mas não parece ser.
Interessante é notar que os códigos de incorporação são postados corretamente. Se visualizarmos um post com status “Agendado”, dá pra ver que o vídeo esta lá.
A mágica do desaparecimento acontece quando o post sai do agendamento e é postado pelo WordPress. O código de incoporação simplesmente some.
Fiz downgrade para versão 3.4. Nesta versão não vejo este bug.