Já consegui resolver o problema o ficheiro excel com as variações do produto não foi gravado no formato csv, correto e causava o erro por isso não apareciam as cores.
Obrigado na mesma pela ajuda
A situação é estranha pois sempre funcionou bem e como não fiz nenhuma atualização não sei porque resolveu não funcionar, vou atualizar para ver se fica outra vez a 100%.
Boa tarde sim a loja é woocomerce, nas variações utilizo o YITH WooCommerce Colors and Labels Variations, mas o que não percebo é que em algumas cores funciona e noutras não aparecem no dropdown de escolha apesar de aparecerem nas variações de produto.